حققان احتمال می دهند آنتی بیوتیک میکروبیوم روده نوزاد را تغییر می دهد و همین امر اثر بخشی واکسن را کاهش می دهد. در ادامه این مطالعه که توسط محققان دانشگاه فلیندرز در استرالیا صورت گرفته نشان می دهد آنتی بیوتیک در سال های اول تولد ایمنی بدن را تغییر می دهد و همین امر سبب می شود واکنش سیستم ایمنی نسبت به واکسن تغییر کند. واکسن مننژیت، پنومونی، سل و سیاه سرفه مهمترین واکسن هایی هستند که به نوزاد تزریق می شوند و مدل های حیوانی کاهش اثر بخشی این واکسن ها را در صورت استفاده از آنتی بیوتیک تایید کردند.
ادامه مطالعات نشان داد موش های بالغ این واکنش را نشان نمی دهند و آسیب های ناشی از آنتی بیوتیک در موش نوزاد بیشتر از موش های بالغ است.
این مطالعه نیازمند بررسی بیشتر است و محققان احتمال می دهند تغییر رژیم غذایی و استفاده از باکتری های پروبیوتیک شاید بتواند راه حل این مشکل باشد.